Python - OCR/procesamiento de imágenes: buscar y dividir

Estoy trabajando en lo que es esencialmente software scantron. Estoy escribiendo en python, y he estado tratando de hacer funcionar el reconocimiento óptico. Llegué al punto en que, dada una imagen con un fondo blanco y una marca de lápiz, puedo decir si es verdadero o falso. El siguiente paso es poder leer el formulario y obtener cada una de las ubicaciones que deben verificarse. Tengo control total sobre el diseño del formulario, por lo que ahora necesito encontrar una manera de operar en relación con una subimagen.

Básicamente: dada una imagen, me gustaría poder dividir la imagen en relación con una subimagen que pueda buscar. De esa manera, puedo hacer que los formularios usen algún tipo de indicador en la parte superior izquierda (para que cualquier cambio menor en la impresión + escaneo no arruine las cosas). Luego, necesito poder 'cortar' la imagen en relación con esa subimagen. Sé que PIL te permite cortar imágenes, pero no pude encontrar una función de búsqueda de subimágenes difusas... ¿Alguna idea sobre dónde debería ir a continuación?

También estoy abierto a otras ideas sobre cómo implementar esto.