Para cifrar el número IMEI

si está tratando de cifrar el número en el propio dispositivo, no es posible.

Si está tratando de encriptar el número que obtuvo con su código, hay muchas maneras de hacerlo, intente mirar este fragmento de código: http://www.androidsnippets.com/encryptdecrypt-strings

Aquí da la muestra de Encrypt Ad Descrypt para String usando Cipher

http://www.androidsnippets.com/encryptdecrypt-strings

Podrías usar funciones como estas:

private static byte[] encrypt(byte[] raw, byte[] clear) throws Exception {
        SecretKeySpec skeySpec = new SecretKeySpec(raw, "AES");
        Cipher cipher = Cipher.getInstance("AES");
        cipher.init(Cipher.ENCRYPT_MODE, skeySpec);
        byte[] encrypted = cipher.doFinal(clear);
        return encrypted;
    }

    private static byte[] decrypt(byte[] raw, byte[] encrypted) throws Exception {
        SecretKeySpec skeySpec = new SecretKeySpec(raw, "AES");
        Cipher cipher = Cipher.getInstance("AES");
        cipher.init(Cipher.DECRYPT_MODE, skeySpec);
        byte[] decrypted = cipher.doFinal(encrypted);
        return decrypted;
    }

E invocarlos así:

ByteArrayOutputStream baos = new ByteArrayOutputStream();  
bm.compress(Bitmap.CompressFormat.PNG, 100, baos); // bm is the bitmap object   
byte[] b = baos.toByteArray();  

byte[] keyStart = "this is a key".getBytes();
KeyGenerator kgen = KeyGenerator.getInstance("AES");
SecureRandom sr = SecureRandom.getInstance("SHA1PRNG");
sr.setSeed(keyStart);
kgen.init(128, sr); // 192 and 256 bits may not be available
SecretKey skey = kgen.generateKey();
byte[] key = skey.getEncoded();    

// encrypt
byte[] encryptedData = encrypt(key,b);
// decrypt
byte[] decryptedData = decrypt(key,encryptedData);

Ref de: Cifrado/descifrado de Android con AES