Eliminar pero mantener filas con id en matriz php/mysql

DELETE FROM table1
WHERE id NOT IN (13, 19, 22, 3129)

En PHP, puede utilizar el implosión () función para construir la cláusula IN.

$items = implode(",", $items);    
$sql = "DELETE FROM table1 WHERE id NOT IN ({$items})";

Use implode pero no configure la misma variable de matriz que podría usar más adelante en su programa, ya que tampoco se recomienda ni se toma como una buena práctica de programación cambiar el tipo de datos de una variable así como así.

$items= array(13, 19, 22, 3129);
$sql = sprintf("delete from tbl where id_col not in (%s)",implode(",", $items));

If mytable es grande pero el número de entradas a mantener es pequeño, aquí hay una forma más rápida

$items= array(13, 19, 22, 3129); 
$sql = "CREATE TABLE mynewtable LIKE mytable";
mysql_query($sql);
$id_list = sprintf("(%s)",implode(",", $items)); 
$sql = "INSERT INTO mynewtable SELECT * FROM mytable WHERE id_col IN " . $id_list; 
mysql_query($sql);
$sql = "DROP TABLE mytable";
mysql_query($sql);
$sql = "ALTER TABLE mynewtable RENAME mytable";
mysql_query($sql);