¿Cómo manejo los eventos de la pantalla táctil en el código nativo de Android sin pasar por Java*?

Que yo sepa no se puede hacer eso.

Como dijiste en los comentarios, puedes hacerlo si tu aplicación se ejecuta en una actividad nativa (la actividad nativa de muestra muestra cómo comenzar). Al final, probablemente tendrás algo como:

int32_t handle_input(struct android_app* app, AInputEvent* event) {
    int32_t eventType = AInputEvent_getType(event);
    switch(eventType){
        case AINPUT_EVENT_TYPE_MOTION:
            switch(AInputEvent_getSource(event)){
                case AINPUT_SOURCE_TOUCHSCREEN:
                    int action = AKeyEvent_getAction(event) & AMOTION_EVENT_ACTION_MASK;
                    switch(action){
                        case AMOTION_EVENT_ACTION_DOWN:
                        break;
                        case AMOTION_EVENT_ACTION_UP:
                        break;
                        case AMOTION_EVENT_ACTION_MOVE:
                        break;
                    }
                break;
            } // end switch
        break;
        case AINPUT_EVENT_TYPE_KEY:
            // handle key input...
        break;
    } // end switch
}

Si no me equivoco, no puede manejar la entrada en código nativo si su aplicación se ejecuta en una actividad Java estándar.

No puede manejar los eventos táctiles sin hacer llamadas en java. La única forma es ampliar las clases de componentes o personalizar el SDK de Android .jar, que es una tarea larga.