K significa que la agrupación y el mapa de calor se estropean en R

Estoy tratando de hacer que mis K-means y el mapa de calor se ejecuten en R.

Los datos de la muestra son:

Gene          CTRL           Trt1       Trt2
CTC-367J11.1 1.246981e-01 1.367852e-05 1.794000e-05
Metazoa_SRP  2.530088e-05 1.444200e-05 1.926654e-05
U2           3.333631e-05 2.958200e-05 2.139313e-05
U6           6.305455e-05 5.250028e-05 8.006410e-05
PDE4B        1.096031e+01 1.152491e+01 1.123822e+01
Y_RNA        1.055033e-04 7.694829e-05 6.391186e-05
Metazoa_SRP  1.667394e-05 1.435015e-05 1.827063e-05
SIK3         1.899680e+01 1.969393e+01 2.364119e+01
Metazoa_SRP  5.617737e-01 8.913592e-01 1.842051e-01
U6           1.197319e-04 8.278068e-05 4.552052e-05
Metazoa_SRP  1.639560e-05 2.207347e-05 1.568830e-05
TAB1         1.283763e+01 9.046890e+00 9.739123e+00
U6           1.033654e-04 6.847156e-05 9.091511e-05
CENPC1       5.189229e+01 3.859490e+01 4.172082e+01
Y_RNA        7.265482e-05 5.306069e-05 5.707300e-05
Metazoa_SRP  1.621217e-05 9.311304e-01 5.794767e-01
Y_RNA        9.819591e-05 8.993314e-05 7.113170e-05
Metazoa_SRP  2.246108e-05 1.921480e-05 1.768147e-05
Metazoa_SRP  2.747219e-05 1.513105e-05 1.145366e-03
SULT1E1      1.443337e-03 1.072894e-03 2.243520e-02
Y_RNA        6.103954e-05 6.474251e-05 9.992000e-05
Y_RNA        9.063240e-05 6.180986e-05 6.909407e-05
NADKD1       2.370368e+01 1.709286e+01 1.503605e+01
U6           1.223693e-04 6.924021e-05 6.730057e-05
Y_RNA        1.612464e-04 8.317700e-05 1.367695e-04
RNU1-1       1.166811e+05 1.696343e+05 1.129499e+05
U6           4.632516e-05 9.701152e-05 6.301424e-05
NTPCR        3.139066e+01 1.629096e+01 1.781411e+01
Metazoa_SRP  1.978751e-01 1.433062e-05 2.070821e-05
U6           8.207452e-05 7.182641e-05 7.608100e-05
Metazoa_SRP  1.578756e-05 1.858409e-05 2.446180e-05
U6           5.737100e-05 5.423917e-05 9.218728e-05
DVL2         3.294008e+01 2.095570e+01 2.340127e+01
Metazoa_SRP  1.087326e+00 1.443017e+00 2.541242e+00
GALNT2       2.775928e+01 1.730751e+01 2.105737e+01
Metazoa_SRP  3.084284e-05 3.512870e-05 2.576436e-04
BCR          3.634695e+01 1.260421e+01 1.375759e+01
U6           6.806021e-05 5.552677e-05 8.207164e-05
Y_RNA        8.142876e-05 6.821020e-05 1.088023e-04
U6           6.790829e-05 5.647853e-05 7.394994e-05
U7           1.448038e-04 9.154464e-05 1.285874e-04
SCAND1       1.885882e+01 2.245786e+01 2.580144e+01
PHRF1        1.188219e+01 1.072032e+01 1.117122e+01
U7           2.287524e-04 1.977780e-04 1.102363e-04
U6           1.028393e-04 4.356925e-05 4.605374e-05
U6           6.817994e-05 8.988280e-05 5.114122e-05
Metazoa_SRP  1.542046e+02 1.290191e+02 1.557341e+02
Metazoa_SRP  7.414352e-01 1.374566e+00 1.305447e+00
ZDHHC5       1.537020e+01 1.838988e+01 1.851591e+01
U6           5.157132e-05 8.396489e-05 4.929159e-05

Los comandos que estoy usando son:

library(gplots)
library(RColorBrewer)
A<-read.table(file="random.txt",header=T)
A.matrix <- data.matrix(A[,2:ncol(A)])
rownames(A.matrix) <- A$Gene
A.matrix <- A.matrix + 0.00001
log10.A.matrix <- log10(A.matrix)
Z.log10.A.matrix <- t(scale(t(log10.A.matrix)))
tmp <- Z.log10.A.matrix[which(is.finite(Z.log10.A.matrix[,1])),]

length(which(!is.finite(tmp)))

fin.Z.log10.A.matrix <- tmp
set.seed(1)
km9.fin.Z.log.A.matrix <- kmeans(fin.Z.log10.A.matrix,5, iter.max=40, nstart=10)

rowOrder <- names(sort(km9.fin.Z.log.A.matrix$cluster))
colorVector <- c("darkgreen","darkred","orange", "green", "magenta")
clusterColors <- colorVector[ sort(km9.fin.Z.log.A.matrix$cluster)]
col1=c("blue","white","firebrick")
heatmap.2(fin.Z.log10.A.matrix[rowOrder,],trace="none",labRow=F,labCol=colnames(km9.fin.Z.log.A.matrix),col=col1,RowSideColors=clusterColors,Rowv=F,Colv=T,dendrogram="column",na.rm=T,main="Gene Expression",mar=c(5,5), cexCol=0.5)

La cifra que estoy obteniendo no es la esperada. Las filas no están ordenadas correctamente.

Los racimos parecían perdidos. Creo que es un pequeño error en alguna parte, pero no puedo rastrearlo.

Amablemente ayuda.

Gracias